Chương trình quy tụ các ứng viên sở hữu năng lực, trí tuệ khác biệt để có thể chinh phục những thử thách đa dạng ở các lĩnh vực: trí nhớ, toán học, rubik, quan sát... Một mùa phát sóng có ba vòng đấu:

Vòng Lộ diện

Ứng viên với vai trò là người khiêu chiến sẽ phải chinh phục thử thách do chương trình đưa ra hoặc do thí sinh đề nghị. Các giám khảo sẽ cho điểm dựa trên độ khó của thử thách theo thang điểm từ 1 đến 5, tổng số điểm của 3 vị giám khảo là điểm dự đoán của giám kháo cho phần thử thách. Và sau đó giám khảo khoa học sẽ là người chấm điểm (theo thang điểm 10) sau khi phần thử thách dừng lại, nếu điểm của giám khảo khoa học và tổng điểm dự đoán của các giám khảo còn lại nhân lại với nhau từ 80 điểm trở lên thì sẽ được xuất hiện ở khu vực "Khán đài danh dự" và tiếp tục bước tới hàng ngũ Siêu trí tuệ Việt Nam (còn gọi là được tiến cấp). Số điểm tối đa mà 1 thí sinh có thể đạt được là 150.

Lưu ý: Nếu thí sinh không hoàn thành thử thách thì thí sinh đó sẽ không được giám khảo khoa học chấm điểm và bị loại khỏi chương trình.

Vòng Tuyên chiến

Những người được tiến cấp ở vòng trước sẽ đối đầu với nhau hoặc nhận lời khiêu chiến từ những ứng viên mới để sau đó tìm ra 4 gương mặt xuất sắc đại diện Việt Nam thi đấu quốc tế. Có hai phương thức khiêu chiến ở vòng này:

1. Người khiêu chiến mới đến thách đấu với 1 tuyển thủ đã tiến cấp có cùng năng lực, nếu thách đấu thành công người khiêu chiến sẽ thay thế vị trí của tuyển thủ đó. Tuy nhiên, cũng có luật nếu người bị thách đấu không chấp nhận tuyên chiến, người đến thách đấu sẽ phải thi một mình, và sau đó các giám khảo sẽ chấm điểm như ở vòng 1. Nếu điểm của thí sinh này cao hơn so với người từ chối thách đấu thì coi như thách đấu thành công, ngược lại thí sinh sẽ bị loại.[4]
2. Những tuyển thủ có năng lực tương đương trong biệt đội sẽ phải đối đầu với nhau để chọn ra người xuất sắc nhất, những tuyển thủ có năng lực không trùng khớp với bất kì ai thì sẽ được đặc cách không phải thi đấu nếu như không có người khiêu chiến đến thách đấu.

Vòng Giao hữu quốc tế

Bốn thí sinh sẽ được chọn để vào vòng 3 và tham dự các trận thi đấu quốc tế. Riêng mùa một có sáu thí sinh thay vì bốn thí sinh.